棉籽中含有棉酚，在預處理工藝中需要進行高水分蒸炒，以減少毛油中棉酚的含量。經過精煉的棉籽油完全食用安全。提高毛棉油的質量。但棉籽餅粕中的棉酚，傳統制油方法制取的毛油和餅粕中含有棉酚，影響了餅粕的飼用價值。對餅粕需要經過脫毒處理方可用作飼料。而**今沒有理想的脫毒工藝。
棉籽含殼39～52%，含仁48～61%。殼中含油0.3～1%。棉仁含油30～35%,含蛋白35～38%。棉籽中含有0.8～1.3%的棉酚。傳統的棉籽制油工藝是預榨浸出法或壓榨法。由于棉籽的含殼量較高且含有棉酚，因此，需要在預處理過程中進行剝殼并采用高水分蒸炒，以減少毛棉油中的棉酚含量。
常用的棉籽油加工成套設備的制油工藝：
棉籽→清理→剝殼→仁殼分離→軋胚→高水分蒸炒→預榨→浸出
棉籽油浸出設備
棉籽毛油中殘留的少量棉酚，可以在油脂堿煉脫酸過程中除去，不影響油品的質量。去殼棉籽粕的蛋白質含量達50～60%，且棉籽蛋白在質量上近似于豆類蛋白，但由于棉籽粕中殘留棉酚的毒性，使其不能直接用作飼料，若用作飼料需要經過專門的脫毒處理。因此很多地區只得將其作為肥料或限量用作反芻動物的飼料，造成蛋白資源的浪費。
對棉籽制油工藝也曾作過混合溶劑萃取，即利用棉酚在醇類溶劑中的溶解特性，采用混合溶劑（如己烷、乙醇或丙酮、水）從棉仁中同時將棉油和棉酚提取出來，以得到低棉酚含量的飼用棉籽粕。但此工藝在工業化生產中存在一些問題，如溶劑分離和回收困難，溶劑消耗大，成本高，混合溶劑萃取出的毛棉油中含有大量的棉酚和色素使油品質量下降等。由此影響了此技術在工業上的推廣應用。
